Esta parroquia se erigió en la que entonces era una aldea (La Puebla de Villanueva) perteneciente al término de la Villa de Osuna, en ayuda de Parroquia de su Iglesia Colegial, según el Despacho de fecha 16 de junio del año de 1690, expedido por el Ilustrísimo Sr. Don Jayme de Palafox y Cardona, por la gracia de Dios y de la Santa Sede Apostólica, arzobispo de Sevilla, del Consejo de S. M. Ctª.; siendo Duque de Osuna y Patrono de esta, D. Gaspar Téllez Girón. Téngase en cuenta que, el citado arzobispo, visitó la referida aldea en el año 1687.
En el año 1692 se coloca la pila bautismal, según se recoge en la apertura del primer libro de bautismos que dice así:
“Libro primero donde se asientan los bautismos y nombres de los que se christianan en esta puebla de Villanueba del Sr. San Juan desde este año del Sr. de 1692.
Se puso la pila en esta puebla el día 8 de noviembre de este año de 1692, siendo arzobispo de Sevilla el Ilustrísimo y Rvdmo. Jaime de Palafoz y Cardona mi Sr., Cura Fernando de Andrade, mayordomos de la Yglesia R. Domínguez y Xc. Díaz Carrasco. Libro primero en 9 de Noviembre de 1692.”
Con posterioridad a la fecha anterior, fue nombrado el primer teniente Cura D. Fernando de Ocón y Andrade, el día 13 de diciembre del año 1695:
“Provisión original de el Ylustrísimo Sr. Dn. Jaime de Palafox y Cardona, Arzobispo de Sevilla, por la qual, para Remedio de las necesidades espirituales, que había tocado en la visita hecha por su persona en la Aldea de Villanueva de Sn. Juan por la falta de administración de Sacramentos, de convenio con S. E. el Sr. Dn. Gaspar Tellez Giron, quinto Duque de Osuna mi Sr., y en virtud de su Despacho de treinta de Enero de mil seiscientos noventa, Refrendado de Dn. Josef Fernández de Antezana, Caballero del Orden de S. Tiago su Secretario de Camara, exigio su Ylustrisima por lo proveido en autos de visita de tres de diciembre de mil seiscientos ochenta y siete, y dos de Junio de junio del siguiente de ochenta y ocho, e Ayuda de Parroquia de la Colegial de Osuna, la Aldea de otra Iglesia de Villanueva de Sn. Juan, con Sagrario, Crismeras, Pila baptismal, Confesonario, y la administración de los Stos. Sacramentos, sin perjuicio de los derechos de otra Colegial, de sus Curas, y del Patronato de S. E., asignando al Theniente, que se nombrase, por congrua anual, el Situado de diez y ocho fanegas de trigo y ocho mil maravedís, y Reservando a su y dignidad, en virtud de las concordias celebradas con los Sres del Estado, la colación y canonica institución de los thenientes, que se proveyesen. Dada en el Palacio Arzobispal de Sevilla a diez y tres días del mes de Junio del Referido año de mil seiscientos noventa. Confirmada de su Ylustrisima, Sellada con sus Armas, y Refrendada de Dn. Juan Camacho del Real, su Secretario, y a continuación está un título despachado por el Exmo. Sr. Dn. FranCo. Maria de Paula Tellez Giron, 6º Duque de Osuna mi señor, por el cual nombra por teniente de Cura de Aldea al Lizenciado Dn. Fernando de Ocon y Andrade, con la misma asignación de granos y maravedís.
Su data en Madrid a trese días del mes de Diciembre del año de mil seiscientos noventa y cinco, está firmado de S. E., sellado con el Escudo de sus Armas, refrendado de Dn. Josef Alonso de Paramo su Secretario, y al reverso cumplimentado S. Ilustrisimo, y todo está escrito en quatro fojas de papel común, resguardadas con cubierta de pergamino.”
Desde el comienzo del primer libro de Bautismo en 1692 hasta el final del año 1721, predicaron el Evangelio en este pueblo cuarenta clérigos desempeñando distintas funciones ministeriales, aunque solamente hubo seis párrocos que estuvieron ayudados por sacerdotes religiosos de conventos vecinos sobre todo por los frailes de la tercera orden de San Francisco del convento de Caños Santo. Algunos de estos religiosos aparecen como tenientes Curas y como capellanes de Misa durante muchos años. También aparecen actuando en esta parroquia religiosos agustinos, mercedarios, dominicos, carmelitas y los ya mencionados mínimos franciscanos, y en algunas ocasiones canónigos regulares de Osuna.
Existen referencias documentales que nos hablan de la existencia ya en el siglo XVIII y XIX de una Hermandad Sacramental; una Hermandad de Las Ánimas Benditas, con una relación de sus cofrades y la limosna a que están obligados, así como de aquellos que no la han satisfecho; una Hermandad del Rosario y otra Hermandad de San Juan.